O Hospital Ana Nery é o único a disponibilizar serviço público de assistência à criança cardiopata no Estado da Bahia. Para isso, conta com programas de Residência em Cardiologia Pediátrica, atuando como campo de estágio do internato II em pediatria da FMB – UFBA, sendo também campo de estágio dos R2 de pediatria do HUPES (Hospital Universitário Professor Edgard Santos) e do HGRS (Hospital Geral Roberto Santos), através de cooperação entre os hospitais.

Presta assistência ambulatorial, arritmologia pediátrica, clínica, cirúrgica e intervencionista, e conta com pronto atendimento referenciado no intuito de avaliar crianças internadas em outras unidades hospitalares. Atua também oferecendo assistência multiprofissional envolvendo enfermagem, terapia ocupacional, fisioterapia, nutrição e psicologia.